Dość dokładnie pominęłaś drugą część pytania : dlaczego to odejmujesz? Dlaczego za 3 miesiące a nie 1 miesiąc albo cały rok?
W mojej ocenie nie odejmujesz tej składki bo nawet nie wiadomo za jaki okres to odliczyć. Dochód z gospodarstwa obliczasz ilość hektarów przeliczeniowych x 288 zł. Niezależnie od tego czy ktoś tą ziemię uprawia lub nie.